印刷机本身的精度是影响套印的一个重要因素，现在带自动套准装置的凹版印刷机精度一般在0.15mm以内，设备精度越高当然越容易克服套印偏差。如果精度下降，首先要恢复精度，否则套印偏差较难克服。在操作上，引起套印偏差的原因有：①刮墨刀调整不合适，光电信号端油墨脏污，电眼接受信号失真。②凹版滚筒两端或中间积墨，影响压力及走料张力变化。③印版安装时螺丝没拧紧．印刷时松动。④印版制动轴心线与压滚轴心线不平行或制动轴心线不在印版本身的轴心上。操作印刷机时,需调整好套印跟踪系统，保持电眼探头的清洁，保持压滚的清洁。
   
    凹版印刷路线较长，承印物在运动时受印刷压力、张力拉伸以及烘干温度的作用，伴随承印物中液体物的挥发，使纤维收缩后会产生变形，超过一定量就会影响套印精度。如果油墨的干燥时间不同，即干燥路线长短不同，纤维收缩变形的色序位置也不同，这就是为什么同一套版每次印刷套印偏差各不相同的一个原因。此外，着墨面积越大，承印物收缩变形量也越大。不同批次的承印物湿度不同，其套印偏差也有所不同。带静电的承印物在印刷时会产生毛刺、木纹或飞墨等现象，也会影响印刷走料的平稳。运动中的承印物发生静电吸附作用,会影响张力的稳定而导致套印偏差，这需要适当增加印刷环境的湿度或启用静电消除机构。承印物本身的不平整、内部张力不均匀、边缘受潮(尤其是光电信号套色端)等，都会造成套印偏差。
   
    印刷厂首先应确保印刷环境温湿度的稳定性；在印刷前三天将承印材料放到车间，以提高其温湿适性，防止出汗现象的产生；及时总结不同材料、不同品牌承印物和油墨的印刷适性；首次印刷需协调张力拉伸、印刷压力、刮墨刀位、油墨配比、稀料配比、油墨黏度、烘干温度以及印刷机速等。
   
    制作凹印版滚时，在工艺条件稳定、材料收缩量基本稳定的条件下，事先给予一定的伸放量，以弥补承印材料的变形量。对于轮转机来说，一般是周向依色序递增、轴向依色序倒递增。对于单张凹印机来说，一般轴向和周向均为依色序递增。对于单张凹印配胶印来说，先凹印,后胶印，较易调整套印问题和确保印品质量的稳定性。另外,着墨面积越大，承印物收缩变形量也越大，在制版时考虑进去。安排印刷色序时尽量将有套色要求的色别靠近, 减少受材料变形的影响。对于细小文字和图案的叠色或套印应尽量避免，采用专色版的做法较好；必须要套色的，应根据不同色相的具体情况和凹印机的精度，适当做括缩边。